Վարդան Ազատի Բախշյանը ծնվել է 1965 թ. հունիսի 1-ին, Հոկտեմբերյանում(այժմ՝ Արմավիր )։ Միջնակարգ կրթությունը ստացել է Արմավիր քաղաքի թիվ 2 միջնակարգ (այժմ՝ Վարդան Բախշյանի անվան) դպրոցում։ 1983 թ. ընդունվել է Երևանի պետական համալսարանի պատմության ֆակուլտետ։ 1983-1985 թթ. ծառայել է խորհրդային բանակում (զինվորական ծառայությունն անցկացրել է Հեռավոր Արևելքում)։ Զորացրվելուց հետո ուսումը շարունակել է համալսարանում։ 1989 թ. ընդունվել է ԵՊՀ ասպիրանտուրա՝ միաժամանակ աշխատելով Հայաստանի պատմական աշխարհագրության և քարտեզագրության լաբորատորիայում։ Վարդանը ուսանողական տարիներին համալսարանի արևելագիտության ֆակուլտետում թուրքերեն և ադրբեջաներեն էր ուսումնասիրում։ Մասնագետների կարծիքով նա փայլուն տիրապետում էր օսմանլու թուրքերենին։ Թուրքիայում այդ լեզուն վաղուց չի օգտագործվում և անգամ այնտեղ այն օգտագործում են հատուկ լեզվաբաններ և գիտնականներ։ Թուրքերենի հանդեպ Վարդանի հետաքրքրությունը պայմանավորված էր՝ հետագայում թուրքական արխիվներում հայոց պատմության համար անհայտ էջերի ուսումնասիրմամբ։ 1989 թ. Վ. Բախշյանը դառնում է Հայաստանում կրկին վերահաստատված Հայ մարմնակրթական ընդհանուր միության (ՀՄԸՄ) հիմնադիրներից մեկը։ 1991 թ. Աթենքում ընտրվում է ՀՄԸՄ-ի կենտրոնական վարչության անդամ։
Մինչև Արցախի ազատամարտին մասնակցելը Վ. Բախշյանը պատրաստվում էր պաշտպանել թեկնածուական ատենախոսություն՝ ՙԱրևմտյան Հայաստանի վարչական բաժանումները՚ թեմայով։ Չափազանց կարճ ժամկետում հավաքել և խմբավորել էր համապատասխան նյութերը, կատարել աղբյուրագիտական տվյալների վերլուծություն, կազմել տեղեկատվական աղյուսակներ, ճշգրտել վարչական միավորների ընդգրկած սահմանները, միաժամանակ կազմել Էրզրումի, Դիարբեքիրի, Սվասի, Կարսի տեղագրությունը՝ վարչատարածքային և պատմաշխարհագրական նկարագրով։ Զոհվել է 1991 թվին, թաղված է Եռաբլուրի պանթեոնում։ Արցախյան հերոսամարտի տարիներին նա մի խումբ ընկերների հետ հիմնադրել է ՀՈՒԴ-ը (Հայ ուսանողական դաշինք) և հրատարակել ՙԴաշինք՚ ուսանողական թերթը։ Վարդանը իր ուսանողուհի քրոջ՝ Աննայի հետ անդամագրվել է արցախյան շարժմանը։ 1990 թ. ընկերների հետ մեկնել է Արցախ, մասնակցել տեղի գյուղերի պաշտպանության մարտերին։ Մասնակցել է Բերդաձորի ինքնապաշտպանությանը։ Վ. Բախշյանը զոհվել է 1991 թ. դեկտեմբերի 16-ին Հասանաբադ գյուղի մոտ։Արմավիրի թիվ 2 միջն. դպրոցը անվանակոչվել է Վ. Բախշյանի անունով։ ԼՂՀ նախագահի 1995 թ. թիվ 42 հրամանագրով Վ. Բախշյանը հետմահու պարգևատրվել է ԼՂՀ ՙՄարտական խաչ՚ 2-րդ աստիճանի շքանշանով։
1998 թ. փետրվարին հետմահու պարգևատրվել է ԵՊՀ արծաթե հուշամեդալով։
2008 թ. ԵՊՀ Աստվածաբանության ֆակուլտետի լսարաններից մեկը անվանակոչվել է Վ. Բախշյանի անվամբ։